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細菌宏基因組解決方案

更新時間:2015-03-25   點擊次數:1805次

針對30個小鼠腸道菌群和炎癥性腸病的關聯性研究,我們采用目前zui常用的宏基因組數據分析流程。【圖1】




首先,去除原始數據中的低質量的測序片段,以及可能來自于小鼠的片段,獲得高質量的小鼠腸道菌群序列。將高質量序列比對到NCBI的2,382個微生



1 宏基因組分析流程


物的無冗余混合基因組上,對比對上的測序片段進行統計,獲得不同物種的比對豐度。大約有30%左右的測序片段可以比對到NCBI標準參考基因組上而大約70%的片段可能來自于未知的物種,或者是微生物基因組的未知區域。其次,

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