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針對30個小鼠腸道菌群和炎癥性腸病的關聯性研究，我們采用目前zui常用的宏基因組數據分析流程。【圖1】
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首先，去除原始數據中的低質量的測序片段，以及可能來自于小鼠的片段，獲得高質量的小鼠腸道菌群序列。將高質量序列比對到NCBI的2,382個微生
圖1 宏基因組分析流程
物的無冗余混合基因組上，對比對上的測序片段進行統計，獲得不同物種的比對豐度。大約有30%左右的測序片段可以比對到NCBI標準參考基因組上，而大約70%的片段可能來自于未知的物種，或者是微生物基因組的未知區(qū)域。其次，
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